Skip to content

mogld/readmission-survival

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

Β 

History

5 Commits
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 
Β 

Repository files navigation

심μž₯μ§ˆν™˜Β·λ‡Œν˜ˆκ΄€μ§ˆν™˜ μž¬μž…μ› μœ„ν—˜λ₯  및 μš”μΈ 뢄석

πŸ₯κ΅­λ―Όκ±΄κ°•λ³΄ν—˜κ³΅λ‹¨μ˜ ν‘œλ³Έ μ½”ν˜ΈνŠΈ(NHIS-NSC) μ˜€ν”ˆλ°μ΄ν„°(μ§„λ£Œλ‚΄μ—­, μΆœμƒ/사망, 자격)λ₯Ό ν†΅ν•©ν•˜μ—¬ 심μž₯μ§ˆν™˜(I20–I51) λ˜λŠ” λ‡Œν˜ˆκ΄€μ§ˆν™˜(I60–I69) 으둜 첫 μž…μ› ν›„ 동일상병 μž¬μž…μ› μœ„ν—˜μ„ 뢄석

  • 뢄석 μ–Έμ–΄: R
  • μ£Όμš” 라이브러리: tidyverse, readxl, survival, survminer, tableone
  • Event: β€œμ²« μž…μ› 퇴원 이후 동일 μƒλ³‘μœΌλ‘œ 첫 μž¬μž…μ›β€ λ°œμƒ
  • Time: 퇴원일 β†’ 첫 μž¬μž…μ›μΌ(사건) / 퇴원일 β†’ μ—°κ΅¬μ’…λ£ŒμΌ λ˜λŠ” 3λ…„(censoring)
  • μ£Όμš” κ³΅λ³€λŸ‰: λ‚˜μ΄, 성별, LOS(μž…μ›μΌμˆ˜), κ³Όκ±° 180일 λ™λ°˜μ§ˆν™˜Β·μ™Έλž˜Β·μ‘κΈ‰ μ΄μš©μ§€ν‘œ

λͺ©μ°¨


πŸ“‚ ν”„λ‘œμ νŠΈ ꡬ쑰

β”œβ”€ R/
β”‚  β”œβ”€ rr_first.R   # 데이터셋 톡합, λ³€μˆ˜ μ •μ˜
β”‚  β”œβ”€ rr_second.R  # 연ꡬ λŒ€μƒμž ν™•μ •
β”‚  β”œβ”€ rr_ds2.R     # μž¬μž…μ› vs λΉ„μž¬μž…μ› 
β”‚  └─ rr_sa5.R     # 생쑴뢄석 - KM, CoxPH
β”œβ”€ outputs/        # κ²°κ³Ό - csv
└─ plots/          # κ²°κ³Ό - μ‹œκ°ν™”

뢄석 절차 및 방법

1. 데이터 병합 및 μ½”ν˜ΈνŠΈ μ •μ˜

μ—¬λŸ¬ 데이터셋(NSC2_M20, NSC2_BND, NSC2_BNC)을 RN_INDIλ₯Ό κΈ°μ€€μœΌλ‘œ 병합 ν›„ λ‹€μŒκ³Ό 같은 κΈ°μ€€μœΌλ‘œ 연ꡬ λŒ€μƒμž μ½”ν˜ΈνŠΈλ₯Ό μ •μ˜ν–ˆλ‹€.

  • 진단 κΈ°μ€€: 주상병 μ½”λ“œκ°€ 심μž₯ μ§ˆν™˜(I20-I51) λ˜λŠ” λ‡Œν˜ˆκ΄€ μ§ˆν™˜(I60-I69) 에 ν•΄λ‹Ήν•˜λŠ” ν™˜μž
  • μž…μ› 기둝: ν•΄λ‹Ή μ§ˆν™˜μœΌλ‘œ μ΅œμ†Œ 1회 이상 μž…μ›ν•œ 기둝이 μžˆλŠ” ν™˜μž
  • μ›Œμ‹œμ•„μ›ƒ(Washout) κΈ°κ°„: 2006λ…„ 이전에 동일 μ§ˆν™˜μœΌλ‘œ μž…μ› 기둝이 μžˆλŠ” ν™˜μžλŠ” μ œμ™Έ
  • μ œμ™Έ κΈ°μ€€: μž…μ› 쀑 사망, 퇴원 기둝 λΆˆλΆ„λͺ…, λ‚˜μ΄ 정보가 μœ νš¨ν•˜μ§€ μ•Šμ€ ν™˜μžλ₯Ό μ œμ™Έ

데이터 & λ³€μˆ˜

  • 데이터셋
    • μ§„λ£Œλ‚΄μ—­(T20): NSC2_M20.csv, NSC2_M20_1619.csv
    • 자격(성별): NSC2_BNC_V2_1.csv, NSC2_BNC_1619.csv
    • μΆœμƒ/사망: NSC2_BND.csv
  • 핡심 λ³€μˆ˜
    • RN_INDI(ID)
    • MDCARE_STRT_DT(μ§„λ£Œμ‹œμž‘μΌ)
    • FORM_CD(μž…μ›=β€œ02”)
    • SICK_SYM1/2(μ£Ό/뢀상병)
    • HSPTZ_PATH_TYPE(λ‚΄μ›κ²½λ‘œ)
    • VSHSP_DD_CNT(μž…λ‚΄μ›μΌμˆ˜=LOS)
    • MCARE_RSLT_TYPE(μ§„λ£Œκ²°κ³Ό)
    • BTH_YYYY(μΆœμƒμ—°λ„), DTH_YYYYMM(사망연월)
  • νŒŒμƒ λ³€μˆ˜
    • DISCHARGE_DT(퇴원일)
    • age_index(index μ‹œμ  λ‚˜μ΄)
    • indexκΈ°μ€€ κ³Όκ±° 180일 μ΄μš©λŸ‰Β·μ‘κΈ‰μ—¬λΆ€, λ™λ°˜μ§ˆν™˜ (hx_htn, hx_dm, hx_af, hx_ckd, hx_copd, hx_ihd, hx_hf, hx_dlp, hx_stroke, hx_cancer)

2. 기술 톡계 뢄석

tableone νŒ¨ν‚€μ§€λ₯Ό μ‚¬μš©ν•΄ μž¬μž…μ› κ·Έλ£Ήκ³Ό λΉ„μž¬μž…μ› κ·Έλ£Ή κ°„μ˜ ν™˜μž νŠΉμ„±μ„ λΉ„κ΅ν•˜λŠ” ν‘œ(Table 1)λ₯Ό μƒμ„±ν–ˆλ‹€. 이λ₯Ό 톡해 두 그룹의 기초적인 인ꡬ학적 및 μž„μƒμ  νŠΉμ„± 차이λ₯Ό νŒŒμ•…ν–ˆλ‹€.

3. 생쑴뢄석 (Survival Analysis)

μž¬μž…μ› μœ„ν—˜μ— 영ν–₯을 λ―ΈμΉ˜λŠ” 독립적인 μš”μΈλ“€μ„ μ‹λ³„ν•˜κΈ° μœ„ν•΄ 생쑴뢄석을 μˆ˜ν–‰

  • Kaplan-Meier 뢄석: 전체 ν™˜μž μ½”ν˜ΈνŠΈμ˜ μž¬μž…μ› μœ„ν—˜λ₯ μ„ μ‹œκ°μ μœΌλ‘œ ν™•μΈν–ˆλ‹€. 특히, μž…μ› κΈ°κ°„(VSHSP_DD_CNT)의 쀑앙값인 5일을 κΈ°μ€€μœΌλ‘œ μž…μ› 기간이 5일 이상인 κ·Έλ£Ήκ³Ό 미만인 그룹을 λ‚˜λˆ„μ–΄ μž¬μž…μ› μœ„ν—˜μ„ λΉ„κ΅ν–ˆλ‹€.

  • Cox λΉ„λ‘€ μœ„ν—˜ νšŒκ·€ 뢄석: μž¬μž…μ› μœ„ν—˜μ— 영ν–₯을 λ―ΈμΉ˜λŠ” 독립적인 μš”μΈλ“€μ„ μ‹λ³„ν•˜κΈ° μœ„ν•΄ λ‹€λ³€λŸ‰ Cox νšŒκ·€ λͺ¨λΈμ„ κ΅¬μΆ•ν–ˆλ‹€. λͺ¨λΈμ—λŠ” λ‚˜μ΄, 성별, μž…μ› κΈ°κ°„, κ³ ν˜ˆμ•• λ™λ°˜ μ§ˆν™˜ 유무λ₯Ό ν¬ν•¨ν–ˆλ‹€.

    • κ²°κ³Ό 해석: 뢄석 κ²°κ³Ό, κ³ ν˜ˆμ•• λ™λ°˜ μ§ˆν™˜ μœ λ¬΄μ™€ μž…μ› 기간이 μž¬μž…μ› μœ„ν—˜μ— μœ μ˜λ―Έν•œ 영ν–₯을 λ―ΈμΉ˜λŠ” κ²ƒμœΌλ‘œ λ‚˜νƒ€λ‚¬λ‹€.
      • κ³ ν˜ˆμ••μ΄ μžˆλŠ” ν™˜μžλŠ” κ·Έλ ‡μ§€ μ•Šμ€ ν™˜μžλ³΄λ‹€ μž¬μž…μ› μœ„ν—˜μ΄ μœ μ˜ν•˜κ²Œ λ†’μ•˜λ‹€.
      • μž…μ› 기간이 길수둝 μž¬μž…μ› μœ„ν—˜μ΄ λ†’μ•„μ§€λŠ” κ²½ν–₯을 λ³΄μ˜€λ‹€.

뢄석 νŒŒμ΄ν”„λΌμΈ

  1. μ½”ν˜ΈνŠΈ ꡬ성 & μ›Œμ‹œμ•„μ›ƒ
    • 심μž₯(I20–I51) λ˜λŠ” λ‡Œν˜ˆκ΄€(I60–I69) μž…μ›(FORM_CD="02") 졜초 사둀λ₯Ό index둜 μ •μ˜
    • 2006-01-01 이전 동일상병 이λ ₯ μ›Œμ‹œμ•„μ›ƒ
    • μž…μ› 쀑 사망/퇴원 뢈λͺ…ν™•/λ‚˜μ΄ 계산 λΆˆκ°€ 사둀 μ œμ™Έ
  2. 그룹 라벨링
    • index 이후 동일상병 μž¬μž…μ› μ—¬λΆ€λ‘œ readmit_flag(0/1) 생성
  3. κ³Όκ±° 180일 이λ ₯
    • μ™Έλž˜/응급/νƒ€μž…μ› 횟수 및 λ™λ°˜μ§ˆν™˜ flag(hx_*) 생성
  4. κΈ°μˆ ν†΅κ³„(Table 1)
    • wd_tbl1 κΈ°μ€€ μž¬μž…μ›κ΅° vs λΉ„μž¬μž…μ›κ΅° 비ꡐ(Table_wd_final.csv)
    • 데λͺ¨ ν‘œλ³Έμ—μ„œ **LOS(μž…μ›μΌμˆ˜)**κ°€ μž¬μž…μ›κ΅°μ—μ„œ μœ μ˜ν•˜κ²Œ 큼
  5. 생쑴뢄석
    • KM 곑선(전체 & LOS 쀑앙값 5일: >=5 vs <5)κ³Ό risk table
    • λˆ„μ λ°œμƒ(1βˆ’S(t)), λˆ„μ μœ„ν—˜ H(t), λžœλ“œλ§ˆν¬(30/90일/1Β·2Β·3λ…„)
    • Cox PH: Surv(time,event) ~ age10 + sex + los + hx_htn

κ²°κ³Ό μš”μ•½

데λͺ¨ ν‘œλ³Έ 기반으둜 μ§„ν–‰ν•œ 뢄석이기에 ν‘œλ³Έ μˆ˜κ°€ 맀우 적어 μΆ”μ •μ˜ λΆˆν™•μ‹€μ„±μ΄ 크닀.

μž…μ›μΌμˆ˜(LOS)와 κ³ ν˜ˆμ•• κ³Όκ±°λ ₯(hx_htn)은 μž¬μž…μ› μœ„ν—˜ 증가와 연관이 μ‹œμ‚¬λ˜λ‚˜, κ΅λž€Β·μž”μ—¬ 편ν–₯ κ°€λŠ₯성이 μžˆμ–΄ μΆ”κ°€ 검증이 ν•„μš”ν•˜λ‹€.


κ²°κ³Ό 뢄석 PPT

μ˜ν•™ν†΅κ³„μ‹€ μ΅œμ’…λ°œν‘œ PPT

About

πŸ₯κ΅­λ―Όκ±΄κ°•λ³΄ν—˜κ³΅λ‹¨μ˜ ν‘œλ³Έ 청ꡬ데이터(NHIS-NSC)λ₯Ό μ΄μš©νžˆμ—¬, 심μž₯μ§ˆν™˜(I20–I51) 및 λ‡Œν˜ˆκ΄€μ§ˆν™˜(I60–I69)에 λŒ€ν•œ 동일상병 μž¬μž…μ› μœ„ν—˜λ₯  및 μš”μΈ 뢄석

Resources

Stars

Watchers

Forks

Releases

No releases published

Packages

 
 
 

Contributors

Languages