DuIvySkills

GROMACS 分子动力学模拟的 iFlow CLI 技能集合，适用于 Claude Code 和 iFlow CLI。

安装技能

方式 1：复制到技能目录

将本仓库中的技能目录复制到 Claude Code 或 iFlow CLI 的技能目录：

# 克隆仓库
git clone https://github.com/CharlesHahn/DuIvySkills.git
cd DuIvySkills

# 复制技能到指定目录（根据您的安装位置调整）
# Claude Code 技能目录示例：
cp -r duivytools-skills ~/.claude-code/skills/
cp -r gromacs-skills ~/.claude-code/skills/
cp -r gromacs-protein-analysis ~/.claude-code/skills/

# 或 iFlow CLI 技能目录示例：
cp -r duivytools-skills ~/.iflow/skills/
cp -r gromacs-skills ~/.iflow/skills/
cp -r gromacs-protein-analysis ~/.iflow/skills/

方式 2：通过配置文件指定

在 Claude Code 或 iFlow CLI 的配置文件中添加技能路径：

skills:
  - path: /path/to/DuIvySkills/duivytools-skills
  - path: /path/to/DuIvySkills/gromacs-skills
  - path: /path/to/DuIvySkills/gromacs-protein-analysis

验证安装

安装完成后，在 Claude Code 或 iFlow CLI 中测试：

"帮我使用 DuIvyTools 绘制 rmsd.xvg 文件"

如果系统能够识别并调用相关技能，说明安装成功。

项目简介

DuIvySkills 提供三个核心技能包，覆盖 GROMACS 分子动力学模拟的完整工作流：

• duivytools-skills - GROMACS 模拟结果的可视化工具
• gromacs-skills - GROMACS 软件的命令参考和工作流指南
• gromacs-protein-analysis - 蛋白质动力学分析的专门工作流

使用方法

安装 DuIvyTools

pip install DuIvyTools

或使用清华镜像（更快）：

pip install DuIvyTools -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

在 iFlow CLI 中使用

当您需要执行 GROMACS 相关任务时，iFlow CLI 会自动调用相应的技能：

1. 执行 GROMACS 命令：调用 gromacs-skills
2. 分析蛋白质模拟结果：调用 gromacs-protein-analysis
3. 可视化数据：调用 duivytools-skills

示例

# 设置并运行 GROMACS 模拟
iFlow "帮我设置一个蛋白质的 GROMACS 模拟"

# 分析蛋白质动力学
iFlow "分析我的蛋白质 MD 模拟结果，包括 RMSD、PCA 和自由能景观"

# 可视化结果
iFlow "绘制我的 RMSD 和 DCCM 图"

技能包详情

duivytools-skills

提供约 30 个命令用于处理 XVG、XPM、NDX 等 GROMACS 输出文件：

• 可视化 RMSD、RMSF、能量、氢键等数据
• 绘制 DCCM、FEL、DSSP 矩阵热图
• 操作 NDX 索引文件
• 统计分析和批量处理

gromacs-skills

GROMACS 完整命令参考，涵盖：

• 拓扑和结构处理
• 模拟设置和运行
• 能量和轨迹分析
• 索引和原子选择

gromacs-protein-analysis

蛋白质分析的五种核心工作流：

1. PBC 修正
2. DCCM 分析（动态互相关矩阵）
3. RDCM 分析（残基距离接触矩阵）
4. PCA 分析（主成分分析）
5. FEL 分析（自由能景观）

文档结构

DuIvySkills/
├── duivytools-skills/          # DuIvyTools 技能包
├── gromacs-skills/            # GROMACS 技能包
├── gromacs-protein-analysis/  # 蛋白质分析技能包
├── AGENTS.md                  # 项目上下文
└── README.md                  # 本文件

相关链接

• GitHub: https://github.com/CharlesHahn/DuIvySkills
• DuIvyTools: https://github.com/CharlesHahn/DuIvyTools
• GROMACS 文档: https://manual.gromacs.org/

许可证

GNU General Public License v3

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DuIvySkills

An iFlow CLI skill collection for GROMACS molecular dynamics simulations, compatible with Claude Code and iFlow CLI.

Installing Skills

Method 1: Copy to Skills Directory

Copy the skill directories from this repository to the Claude Code or iFlow CLI skills directory:

# Clone repository
git clone https://github.com/CharlesHahn/DuIvySkills.git
cd DuIvySkills

# Copy skills to specified directory (adjust according to your installation location)
# Claude Code skills directory example:
cp -r duivytools-skills ~/.claude-code/skills/
cp -r gromacs-skills ~/.claude-code/skills/
cp -r gromacs-protein-analysis ~/.claude-code/skills/

# Or iFlow CLI skills directory example:
cp -r duivytools-skills ~/.iflow/skills/
cp -r gromacs-skills ~/.iflow/skills/
cp -r gromacs-protein-analysis ~/.iflow/skills/

Method 2: Specify via Configuration File

Add skill paths to the configuration file of Claude Code or iFlow CLI:

skills:
  - path: /path/to/DuIvySkills/duivytools-skills
  - path: /path/to/DuIvySkills/gromacs-skills
  - path: /path/to/DuIvySkills/gromacs-protein-analysis

Verify Installation

After installation, test in Claude Code or iFlow CLI:

"Help me use DuIvyTools to plot rmsd.xvg file"

If the system can recognize and invoke the relevant skills, the installation is successful.

Project Overview

DuIvySkills provides three core skill packages covering the complete workflow of GROMACS molecular dynamics simulations:

• duivytools-skills - Visualization tool for GROMACS simulation results
• gromacs-skills - Command reference and workflow guide for GROMACS software
• gromacs-protein-analysis - Specialized workflow for protein dynamics analysis

Usage

Install DuIvyTools

pip install DuIvyTools

Or use Tsinghua mirror (faster):

pip install DuIvyTools -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

Using in iFlow CLI

When you need to perform GROMACS-related tasks, iFlow CLI will automatically invoke the corresponding skills:

1. Execute GROMACS commands: Invoke gromacs-skills
2. Analyze protein simulation results: Invoke gromacs-protein-analysis
3. Visualize data: Invoke duivytools-skills

Examples

# Set up and run GROMACS simulation
iFlow "帮我设置一个蛋白质的 GROMACS 模拟"

# Analyze protein dynamics
iFlow "分析我的蛋白质 MD 模拟结果，包括 RMSD、PCA 和自由能景观"

# Visualize results
iFlow "绘制我的 RMSD 和 DCCM 图"

Skill Package Details

duivytools-skills

Provides approximately 30 commands for processing GROMACS output files such as XVG, XPM, NDX:

• Visualize RMSD, RMSF, energy, hydrogen bonds and other data
• Plot DCCM, FEL, DSSP matrix heatmaps
• Manipulate NDX index files
• Statistical analysis and batch processing

gromacs-skills

Complete GROMACS command reference, covering:

• Topology and structure processing
• Simulation setup and execution
• Energy and trajectory analysis
• Index and atom selection

gromacs-protein-analysis

Five core workflows for protein analysis:

1. PBC correction
2. DCCM analysis (Dynamics Cross-Correlation Matrix)
3. RDCM analysis (Residue Distance Contact Matrix)
4. PCA analysis (Principal Component Analysis)
5. FEL analysis (Free Energy Landscape)

Documentation Structure

DuIvySkills/
├── duivytools-skills/          # DuIvyTools skill package
├── gromacs-skills/            # GROMACS skill package
├── gromacs-protein-analysis/  # Protein analysis skill package
├── AGENTS.md                  # Project context
└── README.md                  # This file

Related Links

• GitHub: https://github.com/CharlesHahn/DuIvySkills
• DuIvyTools: https://github.com/CharlesHahn/DuIvyTools
• GROMACS documentation: https://manual.gromacs.org/

License

GNU General Public License v3