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Nota: 1.25

  De los mejores trabajos que he visto nunca, a todos los niveles!! He visto proyectos de Segundo menos complejos que tu trabajo final de Primero... !! Enhorabuena.
  He intentado reventarlo haciendo bastantes pruebas pero no ha habido manera ;) 
  Tiene de todo: dependencias con librerías externas, imágenes, tablas muchos a muchos, threads, herencia, componentes de Swing que no hemos usado... Me dejo mil cosas, seguro!
    En fin, así da gusto corregir!

  Por ponerte un 'pero', tu programa tiene algunas deficiencias técnicas en cuanto a eficiencia/velocidad. No deberías tener una función como refreshAll(), que se dedica a refrescar todas las tablas.
  Es innecesario refrescar siempre todo, debes hacerlo solo cuando el usuario vaya a mirar una tabla en concreto. Con tablas grandes con muchas filas, puede suponer un problema el balanceo de la carga.
  Apenas se nota por las dimensiones de la BD, pero como sé que eres muy perfeccionista ;-) te lo digo para que lo tengas en cuenta. 
  La solución pasaría por tener en cuenta el foco de donde está el usuario y refrescar lo imprescindible.