feat: обрабатывать весь template/ как source payload при init, update и push

[dapi]

Контекст

Шаблон в dapi/memory-bank задаётся всем деревом template/, а не фиксированным набором известных файлов. Сейчас memory-bank-cli init и update рассматривают payload только в template/memory-bank/ и игнорируют остальные элементы template/.

Цель

Сделать template/ полным каноническим source payload: CLI должен согласованно учитывать, планировать и безопасно переносить все отслеживаемые файлы и вложенные каталоги из него при init и update; будущая команда push должна использовать ту же модель в обратном направлении.

Основной инвариант

Логика не должна содержать allowlist, denylist или перечисление конкретных имён файлов/директорий в template/. Любой новый отслеживаемый обычный файл, добавленный в это дерево (включая dotfiles и файлы в dot-directories), автоматически становится частью template payload без изменения кода CLI.

Требования

• Явно определить общее, детерминированное отображение путей из всего template/ в downstream-репозиторий; для template/memory-bank/** сохранить совместимое назначение memory-bank/**.
• Рекурсивно обрабатывать все обычные отслеживаемые Git-файлы template/, включая скрытые имена, без специальных правил для отдельных путей.
• Сохранять режимы 100644/100755; отклонять symlink и другие неподдерживаемые Git entries с понятной диагностикой.
• Включить все managed template-файлы в ownership lock, digest и план обновления, чтобы drift обнаруживался и обновления были идемпотентны.
• Не создавать и не считать значимыми пустые директории (Git их не версионирует).
• Сохранить безопасную обработку конфликтов и пользовательских изменений: managed-файл с локальным drift не должен молча перезаписываться.
• Определить миграцию для существующих downstream locks, созданных при старой модели payload, без ложного удаления или перезаписи файлов.
• Изменить будущий push из feat: добавить команду push для публикации изменений Memory Bank в upstream через PR #23 так, чтобы он отбирал и публиковал всё canonical-дерево template/; добавление/удаление файлов в нём не должно требовать изменения push-логики.
• Обновить help/README и добавить тесты: init, update, dry-run, lock/drift, dotfiles, executable files, динамически добавленные template-пути, legacy source roots и отказные сценарии.

Вне scope

• Автоматическое включение неотслеживаемых или ignored файлов.
• Поддержка symlink без отдельной модели безопасности.
• Изменение поведения для произвольных файлов вне template/.

Зависимость

Реализация этой задачи заблокирована #23: сначала должна появиться команда push и её базовая модель публикации upstream-изменений.

[dapi]

Implemented in #31 (stacked on the GH-23 dependency branch).

Verification performed:

• GOCACHE=/private/tmp/memory-bank-cli-gh29-gocache go test ./...

Coverage includes canonical full-template init/update mapping, dotfiles, executable modes, legacy-lock migration, drift-safe updates, and full-tree push selection.

[dapi]

Implementation is ready in #35
(targeting main).

Verification performed:

• GOCACHE=/private/tmp/memory-bank-cli-gh29-race2 go test -count=1 -race ./...
• GOCACHE=/private/tmp/memory-bank-cli-gh29-vet2 go vet ./...
• E2E_BINARY=/private/tmp/memory-bank-cli-gh29 E2E_WORK_ROOT=/private/tmp/memory-bank-cli-gh29-e2e bash scripts/e2e-init-update.sh — all 27 scenarios passed
• /private/tmp/memory-bank-cli-gh29 lint --repo-root .
• after merging current main into the branch: go test -count=1 ./... and go vet ./...

Coverage includes full canonical path round-tripping for init/update/push,
dotfiles, executable modes, lock/content/mode drift, conservative legacy-lock
migration, template-owned agent files, dynamic paths, canonical profile
detection, and symlink/Git-metadata refusal.