更新 R 实验：时长、环境与提交

简化并统一 R 课程材料：将 lab1 实验时长从 90 分钟调整为 45 分钟；在环境要求中为 R 和 RStudio 添加外链；移除各章节标题中的时间注记；将 lab1 和 lab2 的详细提交清单替换为“**无，见课程作业要求**”；将幻灯片中的“练习作业”标题改为“课程作业”。这些调整旨在精简实验说明并与课程作业要求保持一致，另外包含若干格式化小修正。

Author: ShixiangWang

r-and-rmarkdown/labs/lab1-r-basics.qmd

@@ -13,7 +13,7 @@ subtitle: "掌握R语言核心语法与生信数据处理"
 4. 进行基础的数据处理与统计分析
 5. 安装和管理Bioconductor生信包
 
-**实验时长**：90分钟  
+**实验时长**：45分钟  
 **实验类型**：个人完成
 
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@@ -22,8 +22,8 @@ subtitle: "掌握R语言核心语法与生信数据处理"
 
 ### 环境要求
 
-- R >= 4.3.0
-- RStudio >= 2023.06
+- [R](https://cran.r-project.org/) >= 4.3.0
+- [RStudio](https://posit.co/downloads/) >= 2023.06 /（[Positron](https://positron.posit.co/)，可选）
 
 ### 创建新项目
 
@@ -38,7 +38,7 @@ subtitle: "掌握R语言核心语法与生信数据处理"
 
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-## 第一部分：数据类型与结构 (25分钟)
+## 第一部分：数据类型与结构
 
 ### 练习1.1：基础类型与生物医学应用
 
@@ -294,7 +294,7 @@ print(patients)
 
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-## 第二部分：向量化操作与函数 (25分钟)
+## 第二部分：向量化操作与函数
 
 ### 练习2.1：向量化 vs 循环性能对比
 
@@ -546,7 +546,7 @@ print(result3)
 
 ---
 
-## 第三部分：综合生信分析 (30分钟)
+## 第三部分：综合生信分析
 
 ### 练习3.1：TP53基因表达差异分析
 
@@ -830,7 +830,7 @@ cat("过滤比例:", round((1 - nrow(filtered_genes)/nrow(gene_summary)) * 100,
 
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-## 第四部分：R包管理 (10分钟)
+## 第四部分：R包管理
 
 ### 练习4.1：安装Bioconductor包
 
@@ -881,17 +881,7 @@ help(ggplot)
 
 ## 实验提交
 
-### 提交内容
-
-1. **R脚本文件** (`lab1.R`)
-   - 包含所有练习的代码
-   - 添加必要注释
-   - 确保代码可运行
-
-2. **实验报告** (PDF或HTML，使用R Markdown编写)
-   - 包含关键代码和结果截图
-   - 回答思考题
-   - 总结学习心得
+**无，见课程作业要求**
 
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r-and-rmarkdown/labs/lab2-rmarkdown.qmd

@@ -54,7 +54,7 @@ lab2-rmarkdown/
 
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-## 第一部分：创建基础报告 (15分钟)
+## 第一部分：创建基础报告
 
 ### 练习1.1：创建R Markdown文件
 
@@ -142,7 +142,7 @@ TP53是重要的抑癌基因，编码p53蛋白...
 
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-## 第二部分：数据与代码 (15分钟)
+## 第二部分：数据与代码
 
 ### 练习2.1：数据导入与检查
 
@@ -307,7 +307,7 @@ TP53基因的整体平均表达量为 6.85，标准差为 1.92。
 
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-## 第三部分：图表与表格 (15分钟)
+## 第三部分：图表与表格
 
 ### 练习3.1：基础图形
 
@@ -425,7 +425,7 @@ knitr::kable(
 
 ---
 
-## 第四部分：统计分析与结论 (10分钟)
+## 第四部分：统计分析与结论
 
 ### 练习4.1：差异表达检验
 
@@ -509,7 +509,7 @@ cat("95%置信区间:", round(ttest_result$conf.int[1], 3), "to",
 
 ---
 
-## 第五部分：多格式输出 (5分钟)
+## 第五部分：多格式输出
 
 ### 练习5.1：生成不同格式
 
@@ -576,12 +576,9 @@ tinytex::install_tinytex()
 
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-## 课后作业
+## 实验提交
 
-1. 完善本实验的报告，添加更多可视化（如相关性热图）
-2. 尝试分析另一个基因（如BRCA1、EGFR）
-3. 阅读 [R Markdown Cookbook](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/)
-4. 准备一份自己的基因表达分析报告
+**无，见课程作业要求**
 
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r-and-rmarkdown/slides/slides-rmarkdown.qmd

@@ -706,7 +706,7 @@ output:
 
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-## 练习作业
+## 课程作业
 
 ### 基础任务（必做）