requetes_bdd.txt

Les requêtes suivantes ont été saisies dans les différentes bases de données pour obtenir les listes de publications par année :

Web of Science
Chercher en "Organization enhanced" et trouver le nom de son établissement dans l'index (exemple : Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale)
Year Published : ex: 2016
Custom year range : faire les extractions année par année. Commencer par "2016-2016"
Mode de récupération des données : depuis la liste de résultats, extraire en tab-delimited Win qui produit un document txt. 
Filtrer sur Articles : extraction en tab-delimited file, choisir 1->1000 puis 1001->2000 etc..., nommer à la suite wos1_inserm_YYYY.txt, wos2_inserm_YYYY.txt, etc...
On a plusieurs fichiers (nombreux exports) : il faut agréger les données.
Une fois complété avec toutes les données, enregistrer le fichier wos_inserm_YYYY.txt dans "Data > raw > YYYY"


PubMed
Sauvegarder tous les résultats au format CSV
Extraire année par année

Détail de l'extraction pour l'Inserm :
(("INSERM"[Affiliation] OR "Inserm"[Affiliation] 
OR "inserm"[Affiliation] OR "Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale"[Affiliation] 
OR "National Institute of Health and Medical Research"[Affiliation]) AND "2016"[Date - Publication] : "2016"[Date - Publication])
+ filtre : Journal Article.


HAL-INSERM
(Dans HAL, faire une recherche avancée avec comme champs de recherche :
-> inserm dans Structure multicritère
-> 2016 dans Date de publication (année)
Lancer la recherche
Filtrer ensuite sur Documents. --> ne peut extraire que 1000 références.

Cliquer sur "OUtils" puis "Export avancé"
Dans la liste des champs sélectionnés pour l'export, ne garder que identifiant DOI.
Cliquer sur préparer l'export, puis sur Télécharger l'export.
Renommer le fichier hal_inserm_2016.csv)

Il vaut mieux passer par l'api...
La requête est la suivante : 

https://api.archives-ouvertes.fr/search/?q=structId_i:303623&fq=publicationDate_s:[2019-01-01 TO 2019-12-31]&fq=submitType_s:file&fq=doiId_s:["" TO *]&fl=doiId_s&rows=10000&wt=xml
pour vérifier le nombre de résultats et adapter le nombre de rows pour le téléchargement en csv.


Requête finale :

https://api.archives-ouvertes.fr/search/?q=structId_i:303623&fq=publicationDate_s:[2019-01-01 TO 2019-12-31]&fq=submitType_s:file&fq=doiId_s:["" TO *]&fl=doiId_s&rows=5000&wt=csv

On obtient un fichier sans extension qu'il faut renommer en hal_inserm_2019.csv
Il faut ensuite ouvrir le fichier et renommer l'entête du champ unique "doi" et enregistrer.