Gestion des dépendances avec renv (#543)

* renv

* modify docker image

* restore

* Add renv lock and co

* restore

* upload artifact v4

* rm cdoe

* add yaml to test

* update lockfile

* upgrade R version

* use from documentation

* ici aussi

* use example doc

* add yaml install

* install yaml then renv

* status

* renv yaml

* try using actions

* change rbanch

* r version

* ajoute des data au lockfile

* remove activate

* remove unfinished

* force install yaml

* rm DESCRIPTION

* Update .github/workflows/prod.yaml

* Update README.md

* logical order

* upgraded envir

* install yaml

* restore

* force install yaml

* change location

* install renv

* remove renv

* rm renv

* install terra dependencies

* libdunits

* rm keys

* rm fonts

* update

* eval false

* with_def

Author: linogaliana

.Rbuildignore

@@ -1,2 +1,4 @@
+^renv$
+^renv\.lock$
 ^LICENSE\.md$
 ^\.github$

.Rprofile

@@ -1,3 +1,4 @@
+source("renv/activate.R")
 if (file.exists('~/.Rprofile')) sys.source('~/.Rprofile', envir = environment())
 
 with_def <- (function() {

.github/workflows/bookdown-test.yaml

@@ -8,23 +8,45 @@ on:
       - main
       - master 
 
-name: preview bookdown
+name: Preview website
 
 jobs:
   build:
     if: "!contains(github.event.commits[0].message, '[skip ci]')"
     runs-on: ubuntu-latest
     container: inseefrlab/utilitr:latest
     steps:
-      - name: Checkout Repository
-        if: ${{ github.repository == 'inseefrlab/utilitr' }}
-        env:
-          GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
-        uses: actions/checkout@master
-      - name: Install Dependencies
-        if: ${{ github.repository == 'inseefrlab/utilitr' }}
+      - uses: actions/checkout@v4
+        with:
+          fetch-depth: 0
+          ref: ${{ github.event.pull_request.head.ref }}
+          repository: ${{github.event.pull_request.head.repo.full_name}}
+      - name: Configure safe repository
+        run: |
+          git config --global --add safe.directory /__w/utilitR/utilitR
+      - name: Set RENV_PATHS_ROOT
+        shell: bash
         run: |
-          Rscript -e "install.packages(c('remotes', 'htmltools', 'sf'))"
+          echo "RENV_PATHS_ROOT=${{ runner.temp }}/renv" >> $GITHUB_ENV
+      - name: Install and activate renv
+        run: |
+          install.packages("yaml")
+          install.packages("renv")
+          renv::status()
+          renv::activate()
+        shell: Rscript {0}
+      - name: Get R and OS version
+        id: get-version
+        run: |
+          cat("##[set-output name=os-version;]", sessionInfo()$running, "\n", sep = "")
+          cat("##[set-output name=r-version;]", R.Version()$version.string, sep = "")
+        shell: Rscript {0}
+      - name: Restore Renv package cache
+        uses: actions/cache@v4
+        with:
+          path: ${{ env.RENV_PATHS_ROOT }}
+          key: ${{ steps.get-version.outputs.os-version }}-${{ steps.get-version.outputs.r-version }}-${{ inputs.cache-version }}-${{ hashFiles('renv.lock') }}
+          restore-keys: ${{ steps.get-version.outputs.os-version }}-${{ steps.get-version.outputs.r-version }}-${{inputs.cache-version }}-
         env:
           GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
       - name: Render Book

.github/workflows/prod.yaml

@@ -1,82 +1,42 @@
-name: Production de la documentation
-
-
 on:
+  workflow_dispatch:
   push:
-    branches:
-      - main
-      - master
-      - test
+    branches: renv
+
+name: Quarto Publish
 
 jobs:
-  docker:
-    if: "!contains(github.event.commits[0].message, '[skip ci]')"
+  build-deploy:
     runs-on: ubuntu-latest
+    permissions:
+      contents: write
     steps:
-      -
-        name: Checkout
-        uses: actions/checkout@v2    
-      -
-        name: Set up QEMU
-        if: ${{ github.repository == 'inseefrlab/utilitr' }}
-        uses: docker/setup-qemu-action@v1
-      -
-        name: Set up Docker Buildx
-        if: ${{ github.repository == 'inseefrlab/utilitr' }}
-        uses: docker/setup-buildx-action@v1
-      -
-        name: Login to DockerHub
-        if: ${{ github.repository == 'inseefrlab/utilitr' }}
-        uses: docker/login-action@v1 
-        with:
-          username: ${{ secrets.DOCKERHUB_USERNAME }}
-          password: ${{ secrets.DOCKERHUB_TOKEN }}
-      -
-        name: Build and push
-        if: ${{ github.repository == 'inseefrlab/utilitr' }}
-        id: docker_build
-        uses: docker/build-push-action@v2
-        env:
-          GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
-        with:
-          push: true
-          context: .
-          tags: |
-            inseefrlab/utilitr:latest
-            inseefrlab/utilitr:0.9.1      
-      -
-        name: Image digest
-        run: echo ${{ steps.docker_build.outputs.digest }}
-  website:
-    name: Render website
-    if: "!contains(github.event.commits[0].message, '[skip ci]')"
-    needs: docker
-    runs-on: ubuntu-latest
-    container: inseefrlab/utilitr:latest
-    steps:
-      - uses: actions/checkout@v4
+      - name: Check out repository
+        uses: actions/checkout@v4
+
+      - name: Install R
+        uses: r-lib/actions/setup-r@v2
         with:
-          fetch-depth: 0
-          ref: ${{ github.event.pull_request.head.ref }}
-          repository: ${{github.event.pull_request.head.repo.full_name}}
+          r-version: '4.4.1'
+
       - name: Install dependencies
         run: |
-          git config --global --add safe.directory /__w/utilitR/utilitR
-          Rscript -e "install.packages(c('remotes'))"
-          Rscript -e "remotes::install_github('rstudio/htmltools')"
-          Rscript -e "remotes::install_github('r-spatial/sf', dependencies = TRUE)"
-        env:
-          GITHUB_PAT: ${{ secrets.PAT }}
-      - name: Render Book
-        run: |
-          ls
-          git remote -v
-          git config --global user.email quarto-github-actions-publish@example.com
-          git config --global user.name "Quarto GHA Workflow Runner"
-          quarto render --to html
-          quarto publish gh-pages --no-render --no-browser
-      - uses: actions/upload-artifact@v2
+          sudo ./docker/dependencies.sh
+          rm -rf renv/
+          rm .Rprofile
+          Rscript -e "install.packages('yaml')"
+
+      - name: Install renv packages
+        uses: r-lib/actions/setup-renv@v2
         with:
-          name: _public
-          path: _public/
-          retention-days: 5
+          cache-version: 2
+
+      - name: Set up Quarto environment
+        uses: quarto-dev/quarto-actions/setup@v2
+
+      - name: Render and Publish
+        uses: quarto-dev/quarto-actions/publish@v2
+        with:
+          target: gh-pages
+        env:
+          GITHUB_TOKEN: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}

01_R_Insee/Fiche_installer_packages.qmd

@@ -122,7 +122,7 @@ contiendra les modifications les plus récentes. Installer depuis une forge
 permet ainsi de récupérer la version de développement d'un _package_
 (seules les versions stables sont en général disponibles sur le CRAN). Pour installer
 un _package_ tel qu'il était à un moment donné, il est également possible de
-faire suivre le nom du dépôt par une référence à un `r with_def("commit")`, à un _tag_ (une version) ou à une `r with_def("branche")`. Voici un exemple avec un _tag_ : `remotes::install_gitlab("py_b/funprog@v-0.3.0")`. Voici un exemple avec un commit : `remotes::install_github("InseeFrLab/doremifasolData@a9df2d3d0e372")`.
+faire suivre le nom du dépôt par une référence à un `commit`, à un _tag_ (une version) ou à une ` branche`. Voici un exemple avec un _tag_ : `remotes::install_gitlab("py_b/funprog@v-0.3.0")`. Voici un exemple avec un commit : `remotes::install_github("InseeFrLab/doremifasolData@a9df2d3d0e372")`.
 
 ::: {.callout-note}
 Lorsque vous installez un _package_ depuis une forge logicielle, `R` crée automatiquement une archive temporaire (un fichier `.tar.gz`), puis installe le _package_ à partir de celle-ci. Si vous travaillez dans un environnement Windows, il est nécessaire que `Rtools` soit installé sur votre poste pour que `R` puisse construire l'archive.