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Resumen de la Solución / Solution Summary

Problema Original / Original Problem

Español: Las citas en paper.md no se cargan correctamente cuando la bibliografía está almacenada en bibliography.py.

English: Citations in paper.md are not loading correctly when the bibliography is stored in bibliography.py.

Causa Raíz / Root Cause

Los procesadores de citas para documentos Markdown (como pandoc-citeproc) solo reconocen formatos estándar de bibliografía:

Citation processors for Markdown documents (like pandoc-citeproc) only recognize standard bibliography formats:

  • ✅ BibTeX (.bib)
  • ✅ CSL JSON (.json)
  • ✅ CSL YAML (.yaml)
  • ✅ RIS (.ris)
  • ❌ NO Python (.py)

Solución Implementada / Implemented Solution

1. Archivos Creados / Files Created

bibliography.bib ✅

Archivo de bibliografía en formato BibTeX correcto. Este es el formato que pandoc puede procesar.

Bibliography file in correct BibTeX format. This is the format that pandoc can process.

@article{clave2024,
  title={Título del artículo},
  author={Autor, Nombre},
  journal={Nombre de la revista},
  year={2024}
}

paper.md ✅

Documento de ejemplo configurado correctamente para usar bibliography.bib:

Example document correctly configured to use bibliography.bib:

---
title: 'BioStream: An open-source solution...'
bibliography: bibliography.bib
---

bibliography.py ❌

Ejemplo del formato incorrecto (incluido solo con fines demostrativos).

Example of the incorrect format (included for demonstration purposes only).

2. Documentación / Documentation

  • CITATION_GUIDE.md: Guía completa bilingüe sobre cómo usar correctamente las citas Complete bilingual guide on how to properly use citations

  • DEMONSTRATION.md: Pruebas que demuestran la diferencia entre el formato correcto e incorrecto Tests demonstrating the difference between correct and incorrect formats

  • .gitignore: Excluye archivos generados (PDF, HTML, DOCX) Excludes generated files (PDF, HTML, DOCX)

Verificación / Verification

✅ Prueba Exitosa / Successful Test

pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.html

Resultado / Result:

  • Las citas se procesan correctamente en el texto: (Albaladejo González et al. 2024)
  • Las referencias se generan automáticamente al final del documento
  • Citations are processed correctly in text: (Albaladejo González et al. 2024)
  • References are automatically generated at the end of the document

❌ Prueba Fallida / Failed Test

pandoc paper.md --bibliography=bibliography.py --citeproc -o paper.html

Error: Could not determine bibliography format for bibliography.py

Cómo Usar / How to Use

Paso 1: Preparar la bibliografía / Step 1: Prepare the bibliography

Crear o mantener el archivo bibliography.bib con entradas en formato BibTeX.

Create or maintain the bibliography.bib file with entries in BibTeX format.

Paso 2: Configurar paper.md / Step 2: Configure paper.md

Asegurar que el encabezado YAML incluya:

Ensure the YAML header includes:

bibliography: bibliography.bib

Paso 3: Usar citas en el texto / Step 3: Use citations in text

Referenciar las citas usando la sintaxis: [@clave]

Reference citations using the syntax: [@clave]

Este es un hecho importante [@smith2023].
*This is an important fact [@smith2023].*

Paso 4: Compilar el documento / Step 4: Compile the document

# Generar PDF
pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.pdf

# Generar HTML
pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.html

# Generar DOCX
pandoc paper.md --bibliography=bibliography.bib --citeproc -o paper.docx

Recursos Adicionales / Additional Resources

Conclusión / Conclusion

Español: Para que las citas funcionen en documentos Markdown, la bibliografía debe estar en formato BibTeX (.bib), no en formato Python (.py). El problema se ha resuelto proporcionando el archivo bibliography.bib correcto y documentación completa.

English: For citations to work in Markdown documents, the bibliography must be in BibTeX format (.bib), not Python format (.py). The problem has been resolved by providing the correct bibliography.bib file and comprehensive documentation.